Zəngilan rayonu 1993-cü il oktyabrın 30-da Ermənistan silahlı qüvvələri tərəfindən işğal edilmişdi.Rayon işğal edilərkən 1 şəhər, 5 qəsəbə və 83 kənddən ibarət idi. Rayonun sahəsi 730 kvadrat kilometr, əhalisi 45 mindən çox olub. İşğaldan sonra Zəngilan rayonunun əhalisi məcburi olaraq respublikanın 43 rayonunda müvəqqəti məskunlaşıb.
Azərbaycan Silahlı Qüvvələri 2020-ci il oktyabrın 18-də Zəngilan rayonunun azad edilməsi uğrunda əməliyyata başlamışdır. 2020-ci il sentyabrın 27-də başlayan Vətən müharibəsi zamanı Zəngilan rayonundan şərqdə yerləşən Cəbrayıl rayonunda düşmən qüvvələrinə sarsıdıcı zərbə vurulması və 30-dan çox yaşayış məntəqəsinin işğaldan azad edilməsi, Azərbaycan Silahlı Qüvvələrinin Zəngilan rayonunun inzibati hüdudlarına çatmasına şərait yaratdı. Zəngilan döyüşləri Sərhəd Qoşunlarının Komandanlığı altında aparıldı. Zəngilan döyüşləri nəticəsində Azərbaycan Silahlı Qüvvələri tərəfindən Zəngilan şəhəri, rayonun 4 qəsəbəsi və 49 kəndi işğaldan azad edildi.
Zəngilanın işğaldan azad olunması ilə Azərbaycan-İran sərhədi tam bərpa olundu. İşğal altında qalmış 132 kilometr sərhəd bərpa edildi. Müharibədən dərhal sonra sərhəd boyunca bütün lazımi istehkam, mühafizə işləri görülməyə başlandı.
2020-ci il noyabrın 26-da “Zəngilanın azad olunmasına görə” medalı təsis edildi. Müzəffər Ali Baş Komandan, Prezident İlham Əliyevin sərəncamları ilə Zəngilan rayonunun işğaldan azad edilməsi uğrunda aparılmış döyüş əməliyyatlarında iştirak edərək şəxsi igidlik və şücaət nümayiş etdirmiş Azərbaycan Respublikası Silahlı Qüvvələrinin 6972 hərbi qulluqçusu “Zəngilanın azad olunmasına görə” medalı ilə təltif olunub.
İndi burada bərpa-quruculuq işləri surətlə davam edir. Birinci pilot layihə Zəngilanın Ağalı kəndində icra edilib. Bu gün Ağalı kəndi dünyanın ən müasir kəndlərindən biridir.
Zəngilan məscidi Heydər Əliyev Fondu tərəfindən bərpa olunacaq. Burada həyata keçirilən önəmli layihələrindən biri Heydər Əliyev Fondu tərəfindən icra olunur. Belə ki, Zəngilan məscidinin bərpası ilə bilavasitə Fond məşğul olur.
Azərbaycan Respublikasının Prezidenti canab İlham Əliyev Zəngilan rayonu işğaldan azad olunandan sonra bura 9 dəfə səfər edib, bir sıra təməlqoyma və açılış mərasimlərində iştirak edib.
